Der Ort Villafranca entstand in der Nähe der Kapelle von S. Nicolò um das XI. Jahrhundert herum auf der mittelalterlichen Spur der antiken "Via Romea". Im Mittelalter fiel er wieder zurück unter die Oberherrschaft der Familie Malaspina. Auf Grund seiner strategischen Position wurde er ein wichtiger Handelskontrollknotenpunkt über die "Via Cisa", auf der aus diesem Grund die Festung "Malnido" errichtet wurde. Im Laufe der Geschichte haben viele Geschlechter versucht, sich des Ortes zu bemächtigen.

Nach dem Wiener Kongreß wurde es dem Herzogtum von Modena angeschlossen, um dann ans Großherzogtum der Toskana überzugehen und sich dann letztendlich der Vereinigung von Italien anzuschließen. Besonders wichtig ist die Periode, die dem 2. Weltkrieg folgt, der tiefe Spuren im Ort hinterlassen hat. Bombenangriffe haben seine wichtigsten Monumente zerstört, wie das Schloß der Malaspina, die Kirche des San Francesco, die restauriert wurde, und die Kapelle von S. Nicolò, von der nur noch der Glockenturm übrigblieb.