Il borgo di Villafranca è sorto sul solco medioevale dell'antica via Romea, intorno all'XI secolo vicino alla cappella di S. Nicolò. Nel Medioevo rientrò nei domini della famiglia dei Malaspina e data la sua posizione strategica fu un'importante nodo per il controllo del commercio sulla via Cisa dove venne edificata la fortezza di Malnido. Tanti casati nel corso della storia cercarono di impadronirsi del borgo.

In seguito al Congresso di Vienna venne aggregato al Ducato di Modena, per poi passare al Granducato di Toscana e infine unirsi all'Unità d'Italia. Particolarmente importante è il periodo successivo alla seconda guerra mondiale che ha lasciato ferite profonde al paese. Infatti a causa delle bombe i suoi principali monumenti vennero distrutti, come il castello dei Malaspina, la chiesa di San Francesco, poi restaurata e la cappella di S. Nicolò di cui resta solo il campanile.