Sotto il museo si possono trovare una serie di grandi pezzi architettonici delle varie costruzioni presenti nella città Tra questi il Capitolium, un tempio del quale ora si possono vedere le imponenti strutture del podio rivestite in blocchi levigati con malta di cocciopesto e stuccati con intonaco. Questo edificio era dedicato alla triade Giove, Giunone e Minerva e subì variazioni nei primi secoli dopo Cristo secondo criteri tipicamente ellenistici. Vennero sostituite le strutture in legno con elementi di pietra e venne costruito un porticato con colonne doriche e ioniche. A tutte le fasi della costruzione del Capitolium è dedicata una sezione ampia del museo che comprende un buon numero di disegni esplicativi.

Notevoli sono gli affreschi e i mosaici rinvenuti che caratterizzano due costruzioni in particolare, la domus degli affreschi e la domus dei mosaici. Nella prima abitazione sono presenti un numero enorme di affreschi di epoca claudio-neroniana riportati al loro originario splendore. Nella parete nord, per esempio, sono stati ricostruiti attraverso i vari frammenti nove metri di affreschi con motivi floreali su fondo nero. Nella seconda casa mosaici di epoca tardo repubblicana impreziosiscono i pavimenti. I motivi tipicamente romani raffigurano il Circo Massimo di Roma, Ercole, cortei di persone danzanti, disegni di fiori e di uccelli.